1.中國人起源於境內同一個人種？
在雲南發現的元謀人化石距今已有170萬年，是中國之最。不少學者主張，中國現代人的祖先就是元謀人和北京人。他們認為，在中國發現的各期人類化石都有相似的特點。據此判斷，中國人起源於中國境內的同一個人種，祖宗當然是年代最早的元謀人。但是，近年又有學者根據現代遺傳學研究得出結論：中國人的祖先和全球現代人一樣，都是“非洲人”，遷徙到亞洲大陸的時間是10萬年到20萬年前。而元謀人的後代在現代人形成之前就由於某種原因滅絕了。這些學者使用的現代技術有DNA、Y染色體測定等，言之鑿鑿，讓人難以反駁。但也有學者認為，現代人的起源不會是一個單一的過程，不能斷言現代人起源於非洲或起源於某個其他地區。由此又引發了新的爭論：人類祖先是單系的還是多系的？人類進化是單元的還是多元的？至今沒有結論。
在傳統的中國歷史著作中，華夏文明乃至東亞文明的起源地在黃河中、下游一帶。到20世紀後期，國內外都有學者提出，華夏文明還另有源頭。雲南省測繪局地圖製圖工程師扶永發用“以水定山”的方法去解讀古代奇書《山海經》，經過長期跋山涉水實地考察和研究論證，寫出《山海經新探》一書，提出古代雲南是華夏文明的原始發祥地。《山海經》中的“崑崙山”與今天滇西橫斷山脈地形十分吻合，古軒轅國地和炎、黃、舜、禹的葬地都在滇西，“大禹治水”治的是虎跳峽以上的金沙江河道。商湯之時，八次遷都，華夏民族才從今天的雲南遷入中原，並把滇西山名、河名和炎、黃、堯、舜、禹等先祖的行跡和葬地名稱也“隨遷”到了中原。有學者認為，扶永餘對《山海經》的詮釋僅僅是一種大膽的推論，要得出最後的結論，還必須有更多的證據和考古支持。
3.祿豐恐龍之謎是時光空錯亂？楚雄市祿豐縣是中國第一個出土完整恐龍化石，第一個被命名為恐龍之鄉，第一個榮膺恐龍國家地質公園桂冠的地方然而，至今還有很多謎題一直未曾解開：
1、繁殖之謎――發現大量恐龍化石，卻沒有一枚恐龍蛋化石！這些恐龍究竟是怎麼繁衍後代的？
2、跨越時空之謎――2.4億年前至6500萬年前的食草龍和食肉龍全部死在一起，究竟是時光空錯亂還是另有蹊蹺？
3、密集之謎――為什麼讓如此多的恐龍集中到祿豐？難道那時候是集體相約在此死去，還是受到什麼未知力量的引導？
4、東方之謎――化石在發掘時，考古專家發現祿豐的恐龍頭都朝向“東方”，這是為什麼呢？難道當時的東方發生了什麼事情？
4.諸葛亮“七擒七縱”孟獲的真假？諸葛亮“七擒七縱”孟獲的故事，早就膾炙人口，婦孺皆知。但在歷史學者看來，也是一個歷史懸案。雲南史學家方國瑜就認為，“七擒七縱”不過是《三國演義》作者羅貫中“鋪張”的結果。但是在《資治通鑑》的第七十卷裏可以找到這樣的資料：“漢諸葛亮至南中，所在戰捷……孟獲收貽餘眾以拒亮。獲素為夷、漢所服，亮募生致之，既得，使觀於營陳之間，問曰：‘此軍何如？’獲曰：‘曏者不知虛實，故敗。今蒙賜觀營陳，若只如此，即定易勝耳。’亮笑，縱使更戰。七樅七禽而亮猶遣獲，獲止不去，曰：‘公，天威也，南人不復反矣！’亮遂至滇池。”在《資治通鑑》中，提到了孟獲，但對於七擒七縱的記載較為模糊。而書寫三國史書時間較為靠近的《三國志》對於七擒七縱並沒提及。《三國志·諸葛亮傳》中只有寥寥幾個字的記載：“三年春，亮率眾南征，其秋悉平。”之後裴松之作注，引用了《漢晉春秋》中的記載，此後《資治通鑑》在採集史料時必然看見這條資料對於皇帝讀史有極大的借鑑意義，所以不假思索，乾脆就加上吧。就這樣，“七擒七縱”從民間傳到正史，後來經話本、羅貫中的不斷推廣，成為家喻户曉的經典故事。但是問題來了，究竟信誰的？陳壽《三國志》説沒有，習鑿齒的《漢晉春秋》又説有，那事實到底有沒有就值得大家細細揣摩了。
5.明代前的雲南史籍消失原因明代前的雲南史籍是怎樣消失的？古代雲南有滇國、夜郎國、哀牢國，唐宋又有南詔國、大理國，在歷史上赫赫有名，卻都沒有留下一部國史。有學者考證，如今存留的明代以前雲南史料，執筆者都不是雲南人，撰史之地和存書之所都不在雲南。寫在雲南、留在雲南的地方誌書，一部都沒有保留下來。雲南史籍曾遭受過一次浩劫，那是沒有疑問的。清乾隆年間，文人師範突然跑出來説：雲南地方典籍全被明初拿下雲南後來又鎮守雲南的西平侯沐英燒了。但據《明史紀事本末》記載，明初征滇大將傅友德曾上奏説，雲南圖籍已毀於戰火。元明兩代平定雲南，“天兵入境”，都有惡戰，南詔、大理圖籍很可能毀於戰火。而據《明太祖實錄》，雲南平定之後，朱元璋曾收雲南“圖籍及前代所有志書”修《雲南志》，後來一直不見蹤影。一個可能是在“靖難之變”中，毀於建文帝朱允·燒的那把大火。
6.撫仙湖的古城之謎是史前遺址？神祕的撫仙湖，面積200多平方公里，位於雲南澄江縣境內，是中國最深的高原淡水湖，最深處超過150米。是中國最深的淡水湖之一。在撫仙湖水下，有令人稱奇的大量人工建築遺蹟，在幽深的湖泊下，水下遺址是何人所建呢？1992年潛水愛好者耿衞在撫仙湖水底發現了人工建築羣。2001年6月3日央視對水下古遺蹟考察進行直播。拍攝過程僅僅40分鐘後就戛然而止。2006年6月16日，進行了第二次水下探祕活動。央視攝影師在內的8名潛水者潛入撫仙湖底，發現“水下古城”有2.4平方公里，2014年由考古學家主導，央視跟拍，對撫仙湖水下遺址進行第三次科學考察。分別發現使用金屬器鏨刻的類人眼、耳和脣的砂石單體石構件。以及使用金屬器雕琢的太陽、月亮和男女性生殖器、奇偶數字及其陰陽三角形結構組合圖像，思維方式非常原始。
7.朱允·終老於北京還是雲南？明朝建文帝朱允·在“靖難之役”後不知所終，數百年間眾説紛紜，《明史》記載：“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后屍於火中。”明成祖朱棣在給朝鮮的詔書中也提到了類似的説法：“不期建文為權奸逼脅，闔宮自己焚燃。”此外還有“出家為僧”、“遁入道門”、“流亡海外”等三種説法。清代學者吳乘權則給出了第五種説法，他在《綱鑑易知錄》一書中記載：
建文帝在雲南和一帶藏匿民間三十餘年，直到明英宗時期才現身皇宮，最終壽終正寢。據云南地方文獻記載，建文帝潛逃出京後，削髮為僧，進入雲南，被鎮守雲南的沐氏兄弟暗中送至武定府。朱允·以此為基地，四處遊歷，最後“坐化”於武定獅山。但獅山有沒有朱允·墓，不見史載，仍是一個謎。
8.鄭和兩次回昆明的目的之爭鄭和兩次回昆明是“奉旨祭父”還是察訪建文帝？明代永樂三年，即公元1405年，鄭和首下西洋之前，奉明成祖朱棣之旨，回昆明老家祭奠亡父。公元1411年，鄭和二下西洋剛剛歸來幾個月，再次奉旨回鄉祭父，在昆明一住就是50天。明成祖朱棣如此關心鄭和的亡父，甚至可以和下西洋這麼大的事相比，真是有點兒“深奧”。一種説法是，朱棣明裏讓鄭和回鄉掃墓，暗中要鄭和察訪被推翻而失蹤的建文帝朱允·。鄭和無功而返，朱棣懷疑朱允·逃亡海外，便命鄭和下西洋尋拿朱允·，同時“耀兵異域，顯中國富強”(《明史·和傳》)。那麼，鄭和在雲南找到了朱允·嗎？有史料説，鄭和曾向昆明五華寺捐刻《大藏尊經》，而朱允·曾在五華寺逗留過，則鄭和贈經之舉，當有深意。還有學者們説，朱允·在雲南，鄭和不是找不到蛛絲馬跡，只是曲為掩飾、暗中保護，使朱允·能夠安處滇中。但此説史籍不載，至今仍是個謎。
9.雲南迷人湖可以呼風喚雨？雲南高黎貢山的原始森林，有一個奇怪的湖叫“迷人湖”，迷人湖位於雲南高黎貢山的原始森林，最寬處150米，窄處60米，水深1.5米。奇怪的是，如果人站在湖邊高聲講話，本來晴朗明麗的湖面上空就會突然烏雲密佈，甚至立即下起雨來。講話聲音越高，雨就落得越大。湖水終年不涸，即使狂風呼嘯，湖面也平穩如鏡。更為奇怪的是，如果人站在湖邊高聲講話，本來晴朗明麗的湖面上空就會突然烏雲密佈，甚至立即下起雨來。講話聲音越高，雨就落得越大，講話時間越長，落雨的時間也就越長。迷人湖之謎致使眾多的學者專家都陷入了困境。甚至比起伊拉克血湖還要讓人匪夷所思，難道關於迷人湖之謎真的存在着什麼詭異的事情嗎·
10.寶山石頭城之謎？寶山石頭城位於雲南麗江城北110公里的金沙江溪谷中，“石頭城”因為是這裏100多户人家是建立在一個蘑菇狀的巨石上面而得名，村子三面都是懸崖絕壁，就是猴子也很難從絕壁上爬上去，整個村子只有南邊一道石門可自由出入，如果關上城門，就成了萬無一失的安全島，這要是在古代，絕對是一夫當關，萬夫莫開的險地，想當年那可都是古代，可沒有現代這麼先進的機械設備，摩梭族的祖先們是如果把沉重的石料運送到兩三千米的懸崖邊緣，又是如果才造就了今天的石頭城呢？
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