三方協議的附加協議是否可以作為合同的附件？

三方協議以及三方協議簽訂的時間都是2009年5月22日。當時公司説想籤三方協議的話，必須簽訂三方協議附加協議。所以簽了。《勞動合同》簽訂的時間是2009年7月1日。三方協議的有效日期是：《勞動合同》簽訂的一刻。我個人認為三方協議的附加協議的有效期應該是由三方協議決定的。但是三方協議附加協議上面有這樣的兩條：第六條：乙方（我）拿到畢業證後即與甲方簽訂《勞動合同》（合同期限為3年，合同期滿經雙方同意可續簽合同），試用期3個月。若因乙方願因而導致合同終止的，乙方須賠償甲方因招聘乙方所發生的費用和培訓費用3000元/人。（具體賠償標準依據乙方在甲方公司實際工作年限進行折算）。第七條：甲、乙雙方同意將本協議作為《勞動合同》的附件，共同遵守。 我現在要離職，並且提前一個月給經理髮了郵件，並做好了一切交接工作。公司還是要我賠錢。。。我對費用提出質疑。公司説我是從學校招聘會招回來的應屆生，所以要賠償招聘費。至於培訓費，公司沒有出示任何的證據，而事實上我沒有簽過任何的培訓協議，也沒有接受過專項的培訓。 我現在已經離職了，我該怎麼辦？公司的做法合法嗎？